A SugarCRM a munkafolyamat (workflow) beállításokon keresztül lehetővé teszi, hogy a jól behatárolható folyamatok automatikusan menjenek végbe. Amikor egy értékesítő SZÁMLÁZHATÓ státuszba tesz egy Lehetőséget, akkor a pénzügy automatikus értesítést kaphat erről. Automatikusan generálhatóak feladatok, figyelmeztetések, sőt eszkalációs folyamatok beállításra is lehetőség van, amelyekkel az ügyfélszolgálatok működését lehet automatizálni. A workflow beállítások lehetőségei végtelenek, a teljes működés leképezhető velük, ráadásul a SugarCRM-mel integrált alkalmazások és weboldalak is generálhatnak munkafolyamatokat.